Das Hauptziel des FLOMI Projekts ist es, ein besseres Verständnis der Transportprozesse von Fäkalbakterien in Karstsystemen zu erreichen. Karstquellen sind wichtige, aber gegenüber dem Eintrag von Schadstoffen oder Mikroorganismen vulnerable Trinkwasserressourcen.

Durchflusszytometrische Verfahren zur Bestimmung der Dynamik mikrobieller Beeinträchtigungen im Quellwasser sind sehr vielversprechend. Die Verfahren ermöglichen es, rasche Analysen, beispielsweise der Gesamtzellzahl, durchzuführen. Wenn Marker (z.B. SYBR Green) hinzugefügt werden, können Zellen von anderen Partikeln unterschieden werden. Mit der Verwendung von Propidium Iodid als Marker können lebensfähige und abgestorbene Zellen identifiziert werden, welche die Gesamtzellzahl ergeben. Es ist auch möglich, Mikroorganismen mit einem niedrigen (LNA) und hohen Nukleinsäureanteil (HNA) zu unterscheiden, die hauptsächlich in Grundwasser (LNA) bzw. Oberflächenwasser (HNA) vorkommen (siehe Abbildung 1).

Mit einer Automatisierungseinheit können Proben in Echtzeit am Durchflusszytometer gemessen werden, die Analysen der mikrobiellen Wasserqualität liegen innerhalb von 15 Minuten vor. Dies erlaubt es, direkt vor Ort den Beprobungszyklus bei Feldversuchen anzupassen oder eine entsprechende Wasseraufbereitung auf die Wasserqualität abzustimmen.